તા. ૨૪મી સપ્ટેમ્બર, ૨૦૦૨ના રોજ આતંકવાદીઓએ અક્ષરધામ(ગાંધીનગર)માં જોરદાર આતંકવાદી હુમલો કર્યો. તેમણે અક્ષરધામ પરિસરમાં આબાલવૃદ્ધ નિર્દોષ દર્શનાર્થીઓને બેરહમીથી રહેંસી નાખ્યા આ અત્યાચારથી આખી દુનિયા સ્તબ્ધ થઈ ગઈ! આવા અતિશય દુઃખદ સંજોગોમાં પ્રમુખસ્વામી મહારાજની સ્થિતપ્રજ્ઞતાએ વિશ્વ જીતી લીધું.
આતંકવાદી હુમલા વખતે સ્વામીશ્રી સારંગપુરમાં હતા. કચ્છ-ભુજમાં થયેલ ભૂકંપના સંદર્ભે પુનર્વસવાટ સંબંધી મિિટગ ચાલુ હતી. જ્યારે સ્વામીશ્રીને આતંકવાદના સમાચાર આપવામાં આવ્યા, ત્યારે તેઓશ્રીએ સ્વસ્થતાથી જણાવ્યું, 'આતંકવાદીઓએ અક્ષરધામમાં દર્શનાર્થીઓને મારી નાખ્યા છે તો ભગવાનને પ્રાર્થના કરીએ કે વધુ કોઈ મરે નહીં અને આતંકવાદીઓ પકડાઈ જાય...'
તે રાત્રે સ્વામીશ્રીએ જનતાને શાંતિ અને સંવાદિતા જાળવી રાખવા માટેની અપીલ કરી હતી. સ્વામીશ્રીએ શાંતિ જાળવી ન હોત તો આ આતંકવાદનો પ્રત્યાઘાત ભયંકર હોત.
'ટાઈમ્સ આૅફ ઇન્ડિયા'ના વાચકોના પત્ર વિભાગમાં તા. ૮-૧૦-૨૦૦૨ના રોજ કૌશિક જોષીનો પત્ર પ્રકાશિત થયો હતો. જોષી જણાવે છે : 'અક્ષરધામમાં આતંકવાદ સમયે પ્રમુખસ્વામી મહારાજે કોઈ પણ જાતના દોષારોપણ અને કોઈ પર તહોમત ન મૂકીને ઔદાર્ય દાખવ્યું છે. અક્ષરધામ એમનું અતિ અમૂલ્ય, અદ્‌ભુત અને આશ્ચર્યકારી સર્જન છે, તેમ છતાં આવા કપરા સમયે તેઓ શાંત રહ્યા. એમની આ સાધુતા અત્યંત અંતરસ્પર્શી છે. (ઉપરાંત) એમનું હૃદય એ રાક્ષસી કૃત્યનો ભોગ બનેલા અસહાયો માટે કકળી ઊઠ્યું હતું.'
પ્રખ્યાત જૈનાચાર્ય ચંદ્રશેખર વિજયજી મહારાજે પ્રમુખસ્વામીશ્રીને પત્રમાં લખ્યું :
'સૌજન્યમૂર્તિ, સંતશિરોમણિ, પરમ પ્રભુભક્ત સ્વામીશ્રી પ્રમુખસ્વામીજી, અક્ષરધામ ઉપર તૂટી પડેલી ઝંઝાવાતી આફત જાણતાંની સાથે હૈયાને જોરદાર આઘાત લાગ્યો છે. આપને તો શું વીતી હશે? તેની કલ્પના અસ્થાને જણાય છે. કેમ કે આપ સ્થિતપ્રજ્ઞની ઉન્નત ભૂમિકાએ આરૂઢ થયેલા સંત છો. સહાનુભૂતિ વ્યક્ત કરવા માટે આપની પાસે આવી રહેલા પ્રભુભક્તો ચોધાર આંસુએ રડે છે. આપ તેમને આશ્વાસન આપો છો. આ આપના સંતપણાની ઊંચી ભૂમિકા કહેવાય.'
અક્ષરધામમાં થયેલી લોહિયાળ આતંકી ઘટના સમયે સ્વામીશ્રીએ જાળવેલી સ્થિતપ્રજ્ઞતા અને એ વખતે પ્રસ્તુત કરેલી શાંતિની અપીલ એ સમકાલીન યુગમાં ઉત્તમોત્તમ વિચારધારા છે. માત્ર સ્થાનિક જ નહીં, પરંતુ વિશ્વભરના આગેવાનોએ સ્વામીશ્રીના આ અભિગમને હૃદયપૂર્વક બિરદાવ્યું છે.